К общенациональной борьбе 88-го он присоединился в 65 лет, будучи известным ученым. Он разделил все испытания, выпавшие на долю своих более молодых идейных соратников по комитету “Карабах”. После обретения Арменией независимости очень скоро стал оппозиционером и остался им как при бывшей, так и при нынешней власти. Его последней акцией стало участие в судебном процессе над Жирайром Сефиляном. Уже тогда он был смертельно болен.
Рафаэль Казарян мог ошибаться, но он никогда не приспосабливался и не лгал.